La Hermandad se funda en 1.557 por la gran devoción que se le tenía ya a esta advocación Mariana, pues congregaba para su fiesta a feligreses de todas las parroquias de la ciudad, y de fuera de ella.El 1.745 se nombra a la Santísima Virgen del Carmen “Patrona del Barrio” en “Vox Populi”, aunque ya los feligreses celebraban con mucha fe y devoción su festividad con anterioridad a la fecha citada, siendo también muy conocida en la etnofonia almeriense como “Reina o patrona de las Huertas”, pues tal y como consta en los estatutos de la Hermandad esta devoción estaba muy extendida entre las personas del campo, pues la parroquia abarcaba parte de la huerta de Almería. Naciendo así esta canción popular:
“Ojos grandes, pelo negro
labios rojos, tez morena,
como la Virgen del Carmen,
la Patrona de las Huertas.”
En 1.939 se reorganiza la Hermandad convocados por el entonces Párroco de San Sebastián Rvdo. Sr. D. Juan García Pérez. De entre los asistentes nombran hermano mayor al Sr. D. Francisco Durbán Quesada. A pesar de las dificultades y de la premura del tiempo, pues corrían ya veinte días del mes de junio, trabajaron por celebrar los cultos en honor de Nuestra Señora del Carmen, de hecho no dejó de procesionar la Imagen de la Santísima Virgen del Carmen ningún año, a excepción de los años de la Guerra Civil. Además realizaron las gestiones para adquirir una nueva Imagen de la Virgen y conseguir nuevos enseres para la Hermandad, sin olvidar que colaboraron activamente en la reconstrucción del templo de San Sebastián.
En el año 1.954, con motivo de ser declarado “Año Mariano Universal” se organizó, como culmen de los actos y solemnes cultos programados, una Procesión Magna con dieciocho imágenes de Vírgenes de distintas advocaciones, abría la mencionada procesión la Sagrada Imagen de Nuestra Señora del Carmen, Reina de las Huertas, y la cerraba la de Nuestra Patrona la Santísima Virgen del Mar. Como recuerdo de esta gran festividad se colocó en la fachada principal de la Parroquia de San Sebastián el 23 de enero de 1.955, una Inmaculada de mármol.
En el año 1.993 en el que la hermandad se reconstituye por iniciativa del nuevo Párroco Rvdo. D. Manuel Navarro Ponce que hizo un llamamiento a los fieles de la Parroquia y convocados en reunión designaron de entre los asistentes a Dª María del Carmen García Fernández como responsable para reorganizar la hermandad. Nuevamente se produce el resurgir de la misma, siendo obispo de la diócesis Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Rosendo Álvarez Gastón se erige canónicamente y se aprueban los estatutos el 19 de septiembre de 1996.El 30 de mayo de 2015, la Imagen de Nuestra Señora del Carmen era coronada canónicamente en la Plaza de la Catedral de Almería por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Adolfo González Montes, Obispo de Almeria y en presencia del Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Ginés García Beltrán, Obispo de Guadix.
